Hiện nay, ĐHQG-HCM có 02 trung tâm nghiên cứu được đầu tư đồng bộ về cơ sở vật chất, trang thiết bị hiện đại và đội ngũ chuyên gia có trình độ cao.
Mạng lưới nghiên cứu
Phòng Thí nghiệm Hóa Lý Ứng dụng (APCLab) thành lập năm 2007, chuyên nghiên cứu và phát triển các công nghệ tiên tiến trong lĩnh vực pin sạc, vật liệu và năng lượng.
Phòng thí nghiệm Phân tích trung tâm (PTN-PTTT) có mục tiêu hỗ trợ nghiên cứu trong các lĩnh vực: vật lý, hóa học, sinh học, địa chất và môi trường, qua đó nâng cao chất lượng giáo dục đại học và sau đại học tại Trường Đại học Khoa học Tự nhiên (US), Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh (ĐHQG-HCM)
Phòng thí nghiệm Công nghệ sinh học phân tử thành lập năm 2000, có chức năng phục vụ nghiên cứu khoa học và hợp tác quốc tế về công nghệ sinh học, góp phần nâng cao chất lượng đào tạo để tiến kịp trình độ khoa học của khu vực và thế giới, phục vụ sự phát triển bền vững của đất nước.
Phòng thí nghiệm trọng điểm ĐHQG-HCM Nghiên cứu Cấu trúc Vật liệu tập trung phát triển các phương pháp mới trong tổng hợp hữu cơ, chủ yếu dựa trên việc sử dụng lưu huỳnh nguyên tố làm chất gây dựng cấu trúc hoặc xúc tác, cũng như các phương pháp sử dụng kim loại chuyển tiếp đơn giản.
Phòng thí nghiệm trọng điểm ĐHQG-HCM Công nghệ Hóa học và Dầu khí thành lập năm 2009 tập trung vào tổng hợp và ứng dụng vật liệu tiên tiến phục vụ các lĩnh vực năng lượng bền vững, môi trường và y sinh
Phòng thí nghiệm trọng điểm ĐHQG-HCM Công nghệ xử lý chất thải bậc cao thành lập năm 2009, có chức năng nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ và hỗ trợ đào tạo.
Phòng thí nghiệm trọng điểm Vật liệu Polyme và Compozit thành lập năm 2003 với chức năng chính là nghiên cứu khoa học và triển khai ứng dụng trong lĩnh vực công nghệ vật liệu polyme và compozit phục vụ cho các ngành kinh tế - kỹ thuật
Phòng thí nghiệm trọng điểm Điều khiển số và Kỹ thuật hệ thống thành lập năm 2003