Hiện nay, ĐHQG-HCM có 05 viện nghiên cứu được đầu tư đồng bộ về cơ sở vật chất, trang thiết bị hiện đại và đội ngũ chuyên gia có trình độ cao.

– Viện Môi trường và Tài nguyên
– Viện Công nghệ Vật liệu tiên tiến
– Viện Nghiên cứu Phát triển Kinh tế tuần hoàn
– Viện Phát triển chính sách ĐHQG-HCM
– Viện Tế bào gốc