Hiện nay, ĐHQG-HCM có 10 phòng thí nghiệm trọng điểm, bao gồm 02 phòng thí nghiệm trọng điểm quốc gia và 08 phòng thí nghiệm trọng điểm cấp ĐHQG-HCM.

– Phòng thí nghiệm trọng điểm Điều khiển số và Kỹ thuật hệ thống

– Phòng thí nghiệm trọng điểm Vật liệu Polyme và Compozit

– Phòng thí nghiệm trọng điểm ĐHQG-HCM Công nghệ xử lý chất thải bậc cao

– Phòng thí nghiệm trọng điểm ĐHQG-HCM Công nghệ vật liệu

– Phòng thí nghiệm trọng điểm ĐHQG-HCM Công nghệ Hóa học và Dầu khí

– Phòng thí nghiệm trọng điểm ĐHQG-HCM Nghiên cứu Cấu trúc Vật liệu

– Phòng thí nghiệm Công nghệ sinh học phân tử

– Phòng thí nghiệm Phân tích trung tâm

– Phòng thí nghiệm Hóa lý Ứng dụng

– Phòng thí nghiệm Công nghệ môi trường